Eu tive o mesmo problema depois de atualizar o meu sistema (xubuntu 12.04, usando da mesma forma aberta): Eu não tive problemas se eu logado com a minha conta do sistema, mas se eu fiz login com uma conta AD eu não poderia fazer a localidade configurações de trabalho (minha configuração padrão é it_IT, mas de alguma forma foi alterado para en_US).
Eu tentei os mesmos comandos que você reportou sem sucesso, mas finalmente mudei meu gerenciador de exibição.
Eu supus que era um problema com lightdm, então eu tentei mudar para outro DM (slim):
sudo dpkg-reconfigure slim
e depois de uma reinicialização, descobri que o sistema estava configurado com o idioma correto.
Eu decidi voltar ao lightdm porque tive problemas com a resolução da minha tela e depois de executar
sudo dpkg-reconfigure lightdm
e uma reinicialização estava tudo bem.
Talvez seja possível executar a reconfiguração do lightdm.