Existem duas razões para o fazer.
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Se a partição não alocar 100% do espaço do dispositivo, isso permitirá que você atribua apenas uma parte do dispositivo ao LVM, deixando o restante do dispositivo disponível para outros usos.
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No caso de uma partição alocar todo o espaço do dispositivo, o motivo é que, se o disco for acessado por outros sistemas operacionais não-Linux, eles podem não reconhecer o LVM e ver o disco não particionado como um slate limpo. Fazer uma partição nela sinaliza que o disco está sendo usado para alguma coisa.