Altere suas aspas duplas em torno da definição de alias para única e você é bom para ir.
alias cdlatest='latestdir=$(ls -td -- */|head -n 1); cd $latestdir'
No entanto, sugiro algumas simplificações:
alias cdlatest='cd "$(\ls -td -- */|head -n 1)"'
onde eliminamos a variável intermediária "$ latestdir", cite os resultados da avaliação do comando $ (...) e use uma forma unaliased de ls.
Mas você precisa lembrar que isso não irá lidar com arquivos com novas linhas em seus nomes.