Em geral, isso tenta copiar B, não seu conteúdo, em A. Como B já é um subdiretório de A, cp
está corretamente dizendo que a origem e o destino são o mesmo arquivo.
Se você quiser copiar o conteúdo de B para A, você quer:
cp -ar /path/to/A/B/* /path/to/A/
Se A é seu diretório de trabalho atual, isso funciona:
cp -ar B/* .