Se você usa o gnu find / sed, isso deve funcionar:
cd /
find subpath_with_files -name .hg -prune -o -type f -exec sed -i -e '1i\{}' {} +
Se você quiser adicioná-lo como comentário, você pode usar algo assim:
cd /
find subpath_with_files -name .hg -prune -o -type f -exec sed -i '1i\# Filename: {}' {} +
O truque é que {}
pode ser usado mais de uma vez no parâmetro exec de find.
Estou removendo .hg
supondo que isso esteja em um repositório mercurial. Isso pode ser .git
ou outro. Os arquivos que você está modificando devem estar em um repositório de algum tipo, para que você possa saber que a mudança funcionou como desejado, e você pode reverter com um comando de reversão, se não.