O Chroot não é um contêiner, apenas altera a visão do sistema de arquivos. Rede ainda é a mesma, os dispositivos ainda são os mesmos, pids ainda são os mesmos, uids ainda são os mesmos, o root ainda é raiz.
Isso significa que ações tomadas em um chroot podem afetar o sistema mais amplo. Se você iniciar um daemon no chroot e ele for ligado a uma porta, ele ocupará essa porta em todo o sistema, não apenas no chroot. Se você (ou um script) usar o killlall em um chroot, ele matará processos fora do chroot também.
Em particular, a instalação / atualização de pacotes em um chroot pode levar a daemons iniciados inadvertidamente e / ou a processos de instalação falharem devido à incapacidade de iniciar daemons. Um script mal escrito pode até matar um daemon no sistema host antes de iniciar uma versão no chroot causando muita confusão (tenho certeza que tive pelo menos um caso há muitos anos atrás, onde emails enviados para 127.0.0.1:25 pareciam ir a lugar nenhum e eu finalmente descobri que eles estavam sendo manipulados por um MTA em um chroot que estava configurado para "somente correio local").
Algumas distros possuem mecanismos para parar as instalações de pacotes nos daemons de inicialização do chroot, mas os detalhes obviamente serão específicos da distribuição.