Suponho que você tenha criado a partir da fonte disponível na Apache Software Foundation. Os scripts a2en... (e a configuração de suporte) são específicos do Debian; você encontrará o código fonte no repositório Debian correspondente.
Sua melhor aposta para construir o servidor httpd a partir do código-fonte e ainda ser capaz de usar a2ensite etc. é usar o pacote fonte Debian:
sudo apt-get install devscripts dpkg-dev build-essential
sudo apt-get build-dep apache2
dget http://httpredir.debian.org/debian/pool/main/a/apache2/apache2_2.4.23-5.dsc
cd apache2-2.4.23
dpkg-buildpackage -us -uc
Os dois primeiros comandos instalam os pacotes necessários para criar apache2 ; então dget baixa e extrai o pacote fonte, e dpkg-buildpackage constrói e produz uma série de .deb pacotes que você pode instalar manualmente usando dpkg como de costume.
Se a linha build-dep não funcionar, o seguinte equivale a apache2 :
sudo apt-get install debhelper lsb-release libaprutil1-dev libapr1-dev libpcre3-dev zlib1g-dev libnghttp2-dev libssl-dev perl liblua5.2-dev libxml2-dev autotools-dev gawk dh-systemd