A configuração é dividida em vários arquivos em /etc/apt/apt.conf.d/
.
Para mim, é:
├── apt.conf.d
│ ├── 00aptproxy
│ ├── 00CDMountPoint
│ ├── 00trustcdrom
│ ├── 01autoremove
│ ├── 01autoremove-kernels
│ ├── 05etckeeper
│ ├── 20apt-show-versions
│ ├── 20listchanges
│ ├── 20packagekit
│ ├── 50apt-file.conf
│ ├── 70debconf
│ └── 99synaptic