Isso é praticamente inútil. Muitos arquivos são modificados regularmente. Se você excluir todos os arquivos de dados que foram modificados durante a operação normal, você já estará perdendo alguns vetores de ataque em potencial e ainda terá todas as atualizações normais de software (e as atualizações são absolutamente necessárias, pelo menos, para segurança). Além disso, um invasor que obtenha acesso root pode alterar o sistema para desativar seu mecanismo de detecção, portanto, isso é útil somente se você monitorar apenas arquivos que não são de propriedade do root.
Mas se você quiser fazer isso de qualquer maneira, use software existente, como o AIDE (disponível em MacPorts ) ou Tripwire (O Google exibe vários tutoriais para o OSX, não posso comentá-los).