Se o link já estiver lá, o novo link será feito dentro do diretório que aponta para o link. Idealmente, você deve excluir / movê-lo antes de criar o link
/bin/rm /usr/share/tomcat8/.guacamole
ln -s /etc/guacamole/ /usr/share/tomcat8/.guacamole
EDIT: Eu vi que você cria este diretório em seu script. Apenas remova essa linha. Deve então funcionar. Remova a seguinte linha do seu script
mkdir /usr/share/tomcat8/.guacamole