Para o formato de fonte padrão do Debian 3.0 (quilt), o procedimento correto quando você faz alterações na origem original / upstream é adicionar patches correspondentes no diretório debian/patches , e não em .orig.tar.xz . Isso é comumente feito com usando quilt , mas você pode alternativamente usar um sistema de controle de versão "adequado" como o Git, se quiser.
O sistema de compilação do Debian recriará automaticamente o .debian.tar.xz com base no conteúdo do diretório debian (incluindo o subdiretório patches ). O arquivo .orig.tar.xz não deve ser modificado. É a fonte upstream.
E quanto à atualização do changelog, cabe a você. Atualizar o changelog irá incrementar o número da versão do Debian. Não tem nenhum impacto direto em remendar a fonte.