O problema descrito parece estar relacionado a finais de linha. Se os arquivos de texto tiverem terminações de linha de retorno de carro / linha de alimentação, awk
verá o retorno de carro como apenas outro caractere de espaço em branco e substituirá o texto na saída.
OP corrigiu o problema editando com pico
(que assume o fim da linha de alimentação de linha, de acordo com este Forma mais fácil de definir quebras de linha página). Também é possível usar programas como dos2unix
para corrigir os fins de linha.
Leitura adicional: