"Melhor" é muito subjetivo, mas há muitas opções. Aqui estão alguns:
- gráfica: baobab, KDirStat
- curses: ncdu (como recomendado por @Pablo-Hinojosa)
- linha de comando não interativa: veja abaixo.
Eu lido muito com ambientes de servidor, então geralmente prefiro abordagens não interativas simples que vão rodar em qualquer lugar sem instalar nada. Por exemplo. minha abordagem usual seria:
du -max / | grep -P '^\d{4}' | sort -rn
Isso normalmente demora um pouco para ser executado, então normalmente eu colocaria a saída em um arquivo e voltaria em breve. Em alguns sistemas, executo isso periodicamente a partir do cron para que eu possa observar as alterações ao longo do tempo.
EDIT: agora você adicionou informação de que os arquivos no seu sistema de arquivos não somam o uso total do arquivo. Parece que você tem um grande arquivo anônimo em jogo. Ou seja, um arquivo aberto que foi excluído. Uma abordagem brutal seria a reinicialização, mas você também pode identificar o arquivo procurando por proc. Estou no meu celular, mas da memória, liste os arquivos em / proc / [0-9] * / fd e procure por grandes. Você pode usar isso para identificar o processo com o arquivo grande e examinar o conteúdo dele. lsof também pode ser útil.