A localidade usada no cron é diferente daquela no seu ambiente interativo. Um tem um agrupamento case-insensitive case e o outro não.
Isso significa que, interativamente, o primeiro sort coloca /universal/webselfservice/pdf/r60.pdf e /universal/webselfservice/pdf/R60.pdf adjacente, então uniq -i pode combiná-los. Mas na localidade usada pelo cron, eles não são adjacentes e são contados separadamente.
Existem dois meios simples para conseguir o que você quer:
- especifique sua localidade não sensível a maiúsculas e minúsculas como uma variável de ambiente em seu arquivo crontab ou
- adicione o sinal
-f(ou--ignore-case) ao primeirosort.