Uma causa para isso é ter arquivos que foram excluídos do disco, mas ainda estão abertos na memória. Esses arquivos, embora excluídos, ainda relatam como espaço ocupado no disco.
Você pode verificar se tem algum arquivo nesse estado (e também qual processo o mantém aberto) com lsof
.
$ lsof | grep deleted
open.pl 15220 steve 3r REG 8,1 70 56099817 /home/steve/scratch/in.txt (deleted)
A sétima coluna (70 no caso acima) é o tamanho do arquivo em bytes. A primeira coluna (open.pl) é o processo que mantém o arquivo aberto. O PID do processo é a segunda coluna.
Geralmente, isso acontece quando arquivos de log enormes são removidos, mas o processo que os está usando não foi reiniciado.
Para liberar este espaço, simplesmente reinicie o serviço que ainda mantém o (s) arquivo (s) aberto (s).