Existe um padrão para entrada na área de trabalho, que é especificado em Estas páginas . Você pode especificar qual ação tomar quando abrir (clicar efetivamente) no item da área de trabalho. A ação pode ser comandos bash.
Ou no seu caso: nautilus /opt/JBoss_4.0.4.GA/server/default/deploy
Apenas para completar, aqui está um exemplo:
Chrome.desktop
[Desktop Entry]
Name=Google Chrome
Exec=google-chrome-stable
Type=Application
StartupNotify=true
Path=/usr/bin/
Icon=/home/bibek/.local/share/icons/hicolor/32x32/Google-Chrome-Google-Chrome.ico
Name[C]=Chrome
Isto é o que o atalho para o Chrome parece no meu Mint Desktop. Essa linha Exec é o que realmente é executado em eventos de clique, assumindo a entrada logo após =
ser executável (os argumentos são separados por espaço).