Este problema é provavelmente melhor abordado em duas etapas:
- Copie os arquivos para a nova pasta
- Renomeie-os de acordo com seus md5sums
O passo 1 é fácil:
cp -r folder_with_movs new_folder
A etapa 2 precisa de um pouco de script:
cd new_folder
for i in *.mov; do
bn="${i%.*}"
ext="${i##*.}"
md5=$(md5sum "$i" | awk '{ print $1 }')
mv -v "$i" "${bn}_${md5}.${ext}"
done