Em geral, você deve usar o gerenciador de pacotes da distribuição ( apt ) para instalar o software e ferramentas de gerenciamento de configuração apropriadas (por exemplo, Ansible / Chef / Puppet como mencionado em um comentário ou debconf local do Debian) para propagar sites informações e arquivos específicos. Copiar arquivos em massa não é uma boa abordagem.
Se você configurou recentemente uma máquina manualmente e deseja replicar essa configuração em outras máquinas, a ferramenta blueprint pode estar Apenas o que você precisa. Ele irá identificar uma lista de pacotes instalados (usando apt-get no caso do Debian), arquivos de configuração (por exemplo, em /etc/ ), e até mesmo quaisquer binários compilados e instalados manualmente em /usr/local/ . Esta ferramenta pode ser usada para criar scripts de chef e fantoche automaticamente; caso contrário, você precisará codificar todas as etapas de instalação e configuração feitas manualmente.
Pode ser tarde demais no seu caso, mas no futuro você pode querer instalar o pacote etckeeper para debian, que automaticamente controlará o conteúdo de /etc/ , o que torna a identificação e documentação de suas alterações (incluindo a instalação / atualização / remoção) de pacotes muito mais fácil.
Se você estiver instalando Debian do zero em mais de duas máquinas, você pode querer procurar ferramentas para o debian "pre-seeding", ou ferramentas de geração de imagens customizadas como FAI ou Debian Live. Veja também respostas a " automatizado implementação de linux e gerenciamento de configuração em pequena escala - vale a pena? ".