Você pode usar -exec para criar um novo bash shell e manipular {} dentro do shell passando-o como um parâmetro (ele pode ser acessado como $0 no novo shell). Você pode remover o tipo de arquivo .md que termina com a expansão do parâmetro:
find . -name '*.md' -type f -exec bash -c 'pandoc --filter ./filter1.py -o ${0%md}html' {} \;