Um modo de pensar dos usuários são as contas reais nas quais uma pessoa poderia fazer login no seu servidor.
Mas uma visão mais comum dos usuários, com a qual você deve se acostumar para administração, é mais uma função do sistema.
Por exemplo, se você instalar o apache, verá o apache sendo executado como usuário 'http' ou 'apache'. Esse é um usuário legítimo em seu sistema, mas ninguém pode fazer login como 'http' ou 'apache'.
Os usuários não devem ser considerados algo assustador. Não há problema em ter muitos usuários diferentes em seu sistema. As verdadeiras chaves para o reino estão no acesso root e na capacidade de usar o sudo para acessar outras contas de usuários.
Desde que você mantenha o root bloqueado e seguro, e não conceda a ninguém mais acesso ao sudo, você pode ter muitos usuários e se manter seguro.
Lembre-se de que os arquivos são executados como o usuário que possui esse arquivo. Portanto, se você tiver um script em um arquivo de propriedade de root, esse script poderá ser muito poderoso, pois os comandos executados são executados como se a raiz estivesse invocando esses comandos. O arquivo herda os mesmos privilégios, mas também as mesmas restrições, que são mantidas pelo usuário que possui o arquivo.
É por isso que o apache é executado como 'apache'. De certa forma, ele protege o resto do servidor se o usuário do 'apache' for comprometido. Isso é apenas um exemplo, mas o princípio geral se aplica ao quadro geral.