Ao usar o daemon rsync, a primeira parte do caminho não é considerada uma pasta, mas mais de um repositório. O daemon rsync procura o caminho completo para os arquivos desse repositório em seu arquivo conf e o nome do repositório é aparado a partir do caminho no destino. Para obter o comportamento esperado, pule o daemon e apenas use ssh. Se você precisar contornar as chaves ssh de configuração de senha com 'ssh-keygen' e 'ssh-copy-id'.