Você precisa escapar as aspas no comando echo
para vê-las na saída, mas você não deve escapar delas no comando real:
#!/bin/bash
echo ./yowsup/yowsup-cli demos --s $1 \"$2\" -c yowsup/config &
./yowsup/yowsup-cli demos --s $1 "$2" -c yowsup/config &
As aspas são usadas no comando real para impedir a divisão de $2
- que contém várias palavras.