Espero que os símbolos da biblioteca sejam diferentes, mesmo que você tenha o que parecem ser as mesmas versões no local. Como meia medida, procure binários estaticamente construídos; então você só precisa se preocupar em obter uma grande quantidade de locais de arquivos corretos para que o aplicativo pare de reclamar.
Em muitos, muitos casos, se não todos, é mais simples reconstruir o aplicativo para o ambiente em que ele vai viver. Você terá uma construção melhor, correrá melhor e não terá um grande risco de surpresa.
Eu trabalho exclusivamente no espaço corporativo, mas mesmo em casa, só faz sentido construí-lo para o ambiente certo. É divertido mexer, mas na verdade isso é menos complicado do que é a Mad Science (a la Frankenstein).