Que tal atribuí-lo a uma variável?
#!/bin/sh
user="$(zenity --entry --title="Username" --text="Username")"
pass="$(zenity --password --title="Password" --text="Password")"
xfreerdp /cert-ignore /f /v:farm.company.com /d:company.com /g:rds.company.com /u:${user} /gd:company.com /gu:${user} /gp:${pass} /p:${pass}
Apenas um aviso, essa não é uma boa abordagem, pois sua senha e nome de usuário ficam visíveis apenas executando ps axu