Você está usando read errado.
echo "Enter SUID: "
read $uid
echo "Enter Tag Number: "
read $dicomTag
deve ser
echo "Enter SUID: "
read uid
echo "Enter Tag Number: "
read dicomTag
Como está, você está chamando read com o argumento "$ uid", que expande a variável "uid" para a string vazia (já que ela não foi definida), e então a shell solta a palavra da lista de argumentos para read , porque está vazio e não está entre aspas. Isso faz com que você chame o formulário de read , em que um nome de variável não é fornecido, e a resposta é armazenada em $REPLY .