Normalmente, você pode ter apenas quatro partições primárias em um disco rígido, uma limitação imposta pela estrutura da tabela de partições.
Para contornar isso e obter mais partições, o sistema cria uma partição estendida, que possui sua própria estrutura de tabela de partições para conter mais partições. A partição estendida ocupa um dos slots das partições primárias.
Não sei por que o Fedora não tenta usar o espaço disponível na partição estendida. Para as instalações SuSE e Ubuntu, não me lembro de precisar de uma partição primária para instalar as coisas.
Você pode tentar reinicializar após excluir a partição estendida, caso o instalador não tenha notado a alteração no disco. Alternativamente, crie manualmente partições na partição estendida e aloque-as ao Fedora.