Supondo que você tenha o grub instalado e o Fedora cuidando da inicialização dupla, inicialize a partir da mídia de instalação do Windows e selecione a função para acessar o modo de comando / reparo.
Em seguida, no XP, execute fixmbr e no Windows 7 / Vista: bootrec.exe /fixmbr
Reinicialize, isso agora deve funcionar sem o grub. Após esse formato, o Fedora partion do seu Windows.