Eu estou supondo que você quer
awk '{tmp = $2; $2 = prev; prev = tmp; print}' filename
Qualquer espaço em branco entre as colunas será reduzido a um único espaço.
exemplo
$ seq 12 | paste - - -
1 2 3
4 5 6
7 8 9
10 11 12
$ seq 12 | paste - - - | awk '{tmp = $2; $2 = prev; prev = tmp; print}'
1 3
4 2 6
7 5 9
10 8 12