Resposta curta: Você não.
Resposta longa: Se você sabe o que está fazendo, você certamente pode organizar os diretórios da maneira que quiser, e também dar nomes em suaíli. Mas isso significa que você teria que ajustar cada e todos os pacotes instalados para usar esse layout não padrão. Você descobrirá que a configuração de alguns pacotes silenciosamente ignora as mudanças, outras surtam, outras quebram de formas divertidas. Aposto que você tem maneiras muito melhores de usar seu tempo.