O wget não ignora as duplicatas, provavelmente está sobrescrevendo-as. O wget tem muitas opções e não tenho conhecimento de todas elas, mas não acredito que exista uma opção para adicionar seletivamente um sufixo para discriminar nomes de arquivos duplicados. Você precisa criar essa funcionalidade sozinho.
como
# mkdir /myarchivedir
#
# mkdir /tmp/mytempdir
# cd /tmp/mytempdir
#
# i=1
# while [ $i -le 900 ]
# do
# wget http://mysite.com/somefile
# file=$(ls)
# mv $file /myarchivedir/${i}.${file}
# (( i=$i+1 ))
# done
como você pode ver, mesmo que a variável $ file seja a mesma que antes, já que o i está alterando o valor toda vez, quando você move o arquivo para / myarchivedir, ele não sobrescreve sua imagem duplicada.
espero que isso ajude