Você teria que editar o código-fonte dos programas que executam o download, pois os arquivos são criados por padrão como 0666 modificados pela umask atual. Na página fopen(3)
man:
Any created files will have mode S_IRUSR | S_IWUSR | S_IRGRP | S_IWGRP | S_IROTH | S_IWOTH (0666), as modified by the process’s umask value (see umask(2)).