Como você disse, os links de diretórios não são possíveis.
Talvez você possa mover o diretório original para um local diferente, como uma pasta oculta, e fazer ambos links diretos de seus diretórios para o local real. Dessa forma, você poderia renomeá-los livremente e os links ainda seriam válidos.
Este alias de shell pode ajudar:
function mkdirlink {
directory="$HOME/.directories/$(uuidgen)"
mkdir "$directory"
ln -s "$directory" "$1"
}
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