Citando o FAQ oficial , chronyd ajusta o relógio gradualmente:
By default, chronyd adjusts the clock gradually by slowing it down or speeding it up. If the clock is too far from the true time, it will take a long time to correct the error. The System time value printed by the chronyc's tracking command is the remaining correction that needs to be applied to the system clock.
Como afirmado aqui, você provavelmente seria capaz de verificar se o seu clock está sendo ajustado observando a linha System time da saída de chronyc tracking (veja a seção tracking em man chronyc para detalhes).
Para permitir que chronyd consiga acertar o relógio, você precisa adicionar a diretiva makestep em chrony.conf :
# Step the clock on the first three updates
# if its offset is larger than one second
makestep 1 3
Por vezes - por exemplo em máquinas virtuais, que podem ser suspensas e retomadas - convém deixar chronyd acelerar todas as atualizações, e não apenas as primeiras depois de iniciar:
# Step the clock on any update
# if its offset is larger than one second
makestep 1 -1
Mas tenha em mente os avisos na documentação oficial (novamente em man chronyc ):
[...] any jump in the time can have adverse consequences for certain application programs.