O único diretório que eu teria certeza de que dizer poderia ser excluído é o diretório lost+found vazio. Ele seria recriado por fsck se essa ferramenta reparar o sistema de arquivos e encontrar inodes pendentes (consulte " Qual é o objetivo dos perdidos encontrados? pasta no Linux e no Unix? ").
Os outros diretórios podem ser usados ou podem ser assumidos por várias ferramentas de sistema, aplicativos e / ou gerenciadores de pacotes em seu sistema. Em particular, excluir /home , /mnt e /usr/local (e possivelmente /media ) pode atrapalhar alguns softwares que dependem da presença desses diretórios. Tanto /mnt como /media (no Linux) são frequentemente usados para montar unidades externas e /home conterá os diretórios iniciais de seus usuários (incluindo o seu próprio).
Um conselho mais geral é não cegamente alterar as coisas instaladas por padrão pela sua distribuição Linux. Os padrões (sejam permissões em arquivos ou diretórios ou várias outras configurações) foram testados pelos mantenedores da distribuição e devem funcionar. Obviamente, você pode precisar ajustar as coisas para que elas atendam às suas necessidades, mas, você sabe, não cegamente .