Depende do alinhamento de blocos lógicos e setores físicos na nova partição. Se o disco tiver blocos lógicos 4K que não estejam alinhados com setores físicos de 4K, isso poderá causar uma perda visível de desempenho. Então, o fdisk apenas te avisa para não fazer isso.
Na maioria dos casos, nenhum outro problema surgirá.