Jack é provavelmente sua melhor opção aqui. O Ubuntu Studio já está preparado para baixa latência, com linux-lowlatency pré-instalado, bem como privilégios em tempo real sendo configurados.
Use qjackctl para controlar o jack. Leia mais sobre isso aqui link
Em seguida, inicie o pd a partir da linha de comando, com:
pd -rt -jack -alsamidi -audiobuf 10
Se você tiver mais perguntas, não hesite em entrar em contato com usuários e desenvolvedores do Ubuntu Studio. Encontre informações de contato aqui link . Temos uma lista de e-mails, seção de fóruns, canais irc, google + comunidade, etc.
Para questões específicas do puredata, há uma lista de email, fórum e também um canal de IRC. Confira a página inicial da puredata para mais informações sobre isso.
Eu mesmo estou frequentemente disponível no canal de IRC #ubuntustudio em irc.freenode.net
(Sou líder de projeto do Ubuntu Studio e mantenedor do linux-lowlatency)