Isso chega perto do que você precisa (alguma formatação ainda precisa ser feita ...)?
awk 'NR == FNR {T[$2,$3] = T[$3,$2] = $1; next} {print $0, T[$1,$2]}' file2 file1
A B C D E
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a1 b1 c1 d1 1
a2 b2 c2 d2 2
a3 b3 c3 d3 1
a4 b4 c4 d4 2
a5 b5 c5 d5 1