pacman se recusará a sobrescrever os arquivos que não estão rastreando, ou seja, não listados em seu banco de dados local.
Esses arquivos provavelmente foram instalados sem usar pacman , manualmente por você ou por algum programa em seu nome.
Em resumo, se esses arquivos não pertencerem a nenhum pacote - e você souber que não está quebrando nada - provavelmente poderá instalar os novos pacotes usando a opção --overwrite , que permite que pacman ignore as verificações de conflito de arquivos e sobrescrever arquivos conflitantes (consulte man pacman para uma explicação detalhada):
# pacman -S --overwrite <glob> package_name
Note, entretanto, que o ArchWiki avisa sobre o uso de --overwrite (já que é necessário um argumento contendo um glob). Consulte a seção Solução de problemas da página relevante, que atualmente aborda seu caso.
Você pode saber qual pacote possui um arquivo (se houver) consultando o banco de dados pacman :
$ pacman -Qo /path/to/file
Um método para identificar todos arquivos não pertencentes a qualquer pacote é ilustrado em esta página do ArchWiki.