Se sua distro tiver um sistema de gerenciamento de pacotes e diferentes pacotes precisarem ser adicionados a diferentes partes da configuração, será muito mais fácil simplesmente colocar um novo arquivo em um novo diretório de configuração em vez de alterar alguma parte em um arquivo de configuração. .
Note que é mais fácil para fazer isso com diretórios, não que a outra maneira seja impossível . No passado, os scripts de instalação de pacotes precisavam alterar arquivos de configuração única, e as pessoas se cansavam disso.