Partições primárias e secundárias não são específicas do Linux.
A tabela de partições MBR original foi definida para ter espaço para 4 partições. No passado, os discos estavam em torno de 10 a 40 MB. Sim, megabytes. Então, na maioria dos casos, as pessoas criavam apenas uma partição para o disco inteiro, e 4 partições eram suficientes para a maioria. Eventualmente, houve um desejo de superar essa limitação, e o conceito de uma partição estendida foi introduzido. Basicamente, as 4 entradas de partição seriam chamadas de primárias, enquanto uma dessas 4 poderia ser marcada como estendida. A partição estendida é apenas um contêiner para partições lógicas. O formato não limita o número de partições lógicas, embora sistemas diferentes possam ter limites diferentes. Veja Wikipedia .
Alguns sistemas operacionais exigem que suas partições de boot sejam partições primárias. Carregadores de inicialização padrão apenas carregam um registro de inicialização de uma partição primária, a partição ativa. Carregadores de inicialização do Linux, como o Grub, podem inicializar a partir de qualquer partição.
A alocação de espaço para partições é uma questão de preferência e expectativas de uso. Se não tiver certeza, basta criar uma partição grande para o seu sistema de arquivos e uma partição de troca se precisar de swap.