Há provavelmente uma maneira mais elegante de usar pack e unpack de Perl, mas usando uma combinação de manipulação de string e oct :
$ perl -pe 's/\b[01]+\b/oct "0b" . $&/ge' file
ADD $05 $05 $05
SUBI $06 $06 3
MUL $07 $07 $07
JSR 29