A página man 7z diz:
-i[r[-|0]]{@listfile|!wildcard} Include filenames
Você precisa especificar explicitamente ! antes do nome do arquivo e proteger o switch da expansão bash com aspas simples: 7z x '-i!Windows/System32/BootRec.exe' winRE.wim
xubuntu@xubuntu:~$ 7z x '-i!Windows/System32/BootRec.exe' winRE.wim
7-Zip [64] 9.20 Copyright (c) 1999-2010 Igor Pavlov 2010-11-18
p7zip Version 9.20 (locale=en_US.UTF-8,Utf16=on,HugeFiles=on,4 CPUs)
Processing archive: winRE.wim
Extracting Windows/System32/BootRec.exe
Everything is Ok
Size: 299008
Compressed: 227817568
(Você pode evitar manter o caminho completo usando a letra da função e : 7z e '-i!Windows/System32/BootRec.exe' winRE.wim .)
BTW, se você não proteger a opção -i com aspas simples ou protegê-la com aspas duplas, receberá um erro:
xubuntu@xubuntu:~$ 7z x "-i!Windows/System32/BootRec.exe" winRE.wim
bash: !Windows/System32/BootRec.exe: event not found