O caractere de controle produzido por Ctrl + Z é 2 em octal. Isso pode ser excluído por tr :
tr -d '2' <file >newfile
Isso exclui os caracteres em qualquer parte do arquivo e cria um novo arquivo chamado newfile com o conteúdo modificado.
Seu comando sed não funciona, pois a expressão ^Z corresponderia a um caractere Z no início da linha. O ^ ancora o restante da expressão no início da linha.