Seu arquivo de dados são arquivos de texto do DOS. Cada linha tem um caractere de retorno de carro à direita.
A saída que você espera é
1,337,87
mas como há um retorno de carro após o 7 em 337 (da final da linha do DOS no segundo arquivo), o cursor volta ao início da linha antes de imprimir ,87 , sobrescrevendo 1,33 lá.
Execute dos2unix nos arquivos de dados para convertê-los em arquivos de texto Unix ou instrua o programa que os cria para criar arquivos de texto Unix.