A única vez em que rsync exclui arquivos da origem é quando você usa a opção --remove-source-files . Veja o manual rsync em seu sistema para mais informações sobre esta opção (sua semântica foi alterada na versão 3.1.0).
Se eu usar o seguinte comando:
rsync -r <source> <dest>
só lê os arquivos da fonte? De tal forma que se todo o diretório de origem fosse somente leitura, nunca deveria ter um problema, não é mesmo?