Apenas definiria a afinidade dentro da VM e dentro das CPUs virtuais. Isso pode não ter um relacionamento estático com as CPUs reais do host, mas supondo que o host da VM tente manter as CPUs virtuais em CPUs físicas separadas (o que provavelmente deve), definir a afinidade no convidado ainda pode ajudar a manter o processo em uma única CPU, dependendo dos tipos de carga no host e na convidado.
Se você tiver tantas CPUs físicas no host quanto virtuais nos convidados, o host da VM não precisará mover as CPUs virtuais. Mas como você provavelmente tem mais virtuais, eles precisam ser movidos, e não há muito o que fazer sobre isso no convidado. Você precisaria definir a afinidade no nível do host também, se necessário.
Ou seja, supondo que não haja nenhum driver especial para revelar as CPUs do sistema host para a VM.