Você deve usar o argumento --from0 , que permite ao remetente separar nomes de arquivos com %code% .
cd /source/path1 &&
find . -print0 | rsync -av --files-from=- --from0 . remote:/target/
ou
find /source/path1/./ -print0 | rsync -av --files-from=- --from0 / remote:/target/