Parted está apenas sendo excessivamente conservador. A prática usual hoje em dia é alinhar partições em limites de 1MiB (setor 2048) porque isso funciona em discos de Formato Avançado, em determinados tipos de configurações de RAID que requerem alinhamento e na maioria dos SSDs. Para um disco de Formato Avançado, desde que o alinhamento seja múltiplo de 8, você está bem, e 2048 é um múltiplo de 8. O espaço em disco perdido é insignificante - 0.0000336% do seu espaço total em disco, se eu o fizesse a matemática certa e não digita nada. Então não se preocupe com isso; basta usar o alinhamento 1MiB.