grep -o 'GO:[0-9]*' filename
ou, se houver uma chance de que a string GO: possa ocorrer sozinha, e você não queira vê-la,
grep -E -o 'GO:[0-9]+' filename
A opção -o para grep retornará as sequências correspondidas, não toda a linha correspondente. Se duas ou mais correspondências ocorrerem em uma linha, elas serão retornadas em linhas separadas na saída.
A expressão regular GO:[0-9]* corresponde à string exata GO: seguida por zero ou mais dígitos, enquanto GO:[0-9]+ corresponde a pelo menos um dígito depois dos dois pontos (isso também pode ser escrito GO:[0-9][0-9]* ).