Você diz que /media é um external HD where I backup my system . Mas, a sua saída df não lista isso como um ponto de montagem separado.
Talvez você tenha montado a unidade externa lá em algum momento, mas a explicação mais simples é que você não o faz, agora, por algum motivo e, portanto, /media é apenas um subdiretório em / .
Essa teoria se ajusta bem ao seu relatório ncdu , que mostra ~ 63 GiB em /media . Isso, mais as outras partes da árvore, também no mesmo /dev/sda1 , em que / está montado, somam cerca de ~ 78 GiB, mostrado por df .